Деревня Подонино расположена в северной части Кузнецкой котловины по левому берегу реки Томь в устье реки Глубокая, в 35 км на северо-запад от областного центра, города Кемерово.

Координаты поселка (55°34'34'' с. ш. 85°47'28'' в. д.) Высота над уровнем моря:151 м. Площадь ~ 4км км². Рельеф территории, занимаемой деревней, равнинная, сильно пересеченная. Почвы черноземные тучные, слабовыщелоченные, с мелкокомковатым строением, обладают высоким естественным плодородием, удовлетворительно обеспечены питательными веществами: азотом, калием, фосфором. Толщина гумуса здесь достигает 30—40 сантиметров.
Вегетационный период (с температурой превышающей +10°С) начинается в среднем 20 мая и заканчивается к 16 сентября, то есть составляет в среднем 147–154 дня.
Основная лесообразующая порода — в основном береза бородавчатая и осина в единичных экземплярах.
Подонино, как и вся Кемеровская область, находится в часовом поясе. Смещение относительно UTC составляет +7:00. Относительно Московского времени часовой пояс имеет постоянное смещение +3 часа.